34. Treffen: ImgLib2 – Generische Bildverarbeitung in Java
Do, 08.11.2012 · 19:00 Uhr · BIOTEC, Konferenzraum 5. Etage
Tobias Pietzsch
· Max-Planck-Institut MPI-CBG
Tobias Pietzsch ist einer der Hauptentwickler von ImgLib2. Er ist Post-Doktorand am Max-Planck-Institut für Molekulare Zellbiologie und Genetik in Dresden, wo er in der Forschungsgruppe von Pavel Tomancak an der automatisierten Auswertung von multidimensionalen Mikroskopiedaten arbeitet.
ImgLib2 ist ein Open-Source Framework zur Repräsentation und Manipulation multidimensionaler Daten. Der Fokus liegt auf biologischen Bilddaten. ImgLib2 bietet eine Abstraktionsschicht um Code-Duplizierung zu vermeiden. Die Architektur des Frameworks beruht auf einer sauberen Trennung von Pixel-Algebra, -Zugriff und Repräsentation der Daten im Speicher. ImgLib2 wird bereits von einer Reihe von großen Open-Source Projekten eingesetzt. Es ist das Datenmodell, das der Bildverarbeitungssoftware ImageJ2 zugrunde liegt, und wird im Mikroskopie-Datenmanagement- System OMERO sowie in der Datamining-Suite KNIME verwendet.
Dieser Vortrag wird zunächst einen Überblick über die Architektur von ImgLib2 geben. Anschließend folgt eine tutorialartige Einführung in die Programmierung mit der Bibliothek.
Links
Medien
34. Treffen: ImgLib2 – Generische Bildverarbeitung in Java
Do, 08.11.2012 · 19:00 Uhr · BIOTEC, Konferenzraum 5. Etage
ImgLib2 ist ein Open-Source Framework zur Repräsentation und Manipulation multidimensionaler Daten. Der Fokus liegt auf biologischen Bilddaten. ImgLib2 bietet eine Abstraktionsschicht um Code-Duplizierung zu vermeiden. Die Architektur des Frameworks beruht auf einer sauberen Trennung von Pixel-Algebra, -Zugriff und Repräsentation der Daten im Speicher. ImgLib2 wird bereits von einer Reihe von großen Open-Source Projekten eingesetzt. Es ist das Datenmodell, das der Bildverarbeitungssoftware ImageJ2 zugrunde liegt, und wird im Mikroskopie-Datenmanagement- System OMERO sowie in der Datamining-Suite KNIME verwendet.
Dieser Vortrag wird zunächst einen Überblick über die Architektur von ImgLib2 geben. Anschließend folgt eine tutorialartige Einführung in die Programmierung mit der Bibliothek.
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Tobias Pietzsch
· Max-Planck-Institut MPI-CBG
Tobias Pietzsch ist einer der Hauptentwickler von ImgLib2. Er ist Post-Doktorand am Max-Planck-Institut für Molekulare Zellbiologie und Genetik in Dresden, wo er in der Forschungsgruppe von Pavel Tomancak an der automatisierten Auswertung von multidimensionalen Mikroskopiedaten arbeitet.